El 18 de septiembre de 2012 el Málaga disputó su primer partido en la Liga de Campeones, venciendo por tres goles a cero al que era en ese momento campeón de la Liga Premier de Rusia, el Zenit de San Petersburgo. El 6 de noviembre de 2012, el equipo se clasifica para los octavos de final de la Liga de Campeones de la UEFA tras empatar a uno en San Siro contra el AC Milan.
